1937年7月抗日战争爆发，国土相继沦陷，为反对日本帝国主义的奴化教育，坚持抗战民族教育，国立北平大学医学院的部分师生纷纷要求学校西迁，同年11月到西安，在西安北大街租赁了部分楼房作为教室，成立了西安临时大学医学院。1938年4月，改称为国立国立西北联合大学，1939年8月，改称为国立西北医学院。

1978年国务院批转教育部文件，我院为卫生部所属高等医药院校， 1979年我院开始首次招收硕士研究生，共招收37名硕士研究生，学制三年。1981年我院生理学科获得国务院学位委员会首批博士、硕士学位授予权，人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、生物化学与分子生物学、内科学、外科学、影像医学与核医学、耳鼻咽喉科学、药理学、中西医结合临床、口腔临床医学同期获得硕士学位授予权。

1985年6月，经卫生部批复，同意我院改名为西安医科大学，1986年，国务院学位委员会公布了第三批学位授权名单，我校新增人体解剖学为博士学位授权点，法医学、皮肤病与性病学 、妇产科学、眼科学、劳动卫生与环境卫生学为硕士学位授权点。

2000年4月，西安医科大学与西安交通大学、陕西财经学院三校合并后，更名为西安交通大学医学院。医学院学科发展与研究生教育迈入一个新的阶段，2001年生理学、法医学被评为国家重点学科，2007年泌尿外科学被评为国家重点学科，皮肤病与性病学被评为国家重点学科培植学科。