研究领域（方向）
（1）肿瘤基因组学，（2）RNA生物学，（3）肿瘤表观调控。
个人及工作简历
本科毕业于清华大学生物科学专业，2014年获卡罗林斯卡医学院医学科学博士学位，研究结直肠癌转录调控机制。2015-2018年于美国加州大学圣地亚哥分校跟随任兵教授开展博士后研究，聚焦表观遗传调控与三维基因组。2018年获海外高层次青年人才计划资助回国，现任交大一附院泌尿外科教授、博士生导师。课题组研究聚焦解析核心致癌通路（Nature 2021; Molecular Cell 2026; Science Advances 2026; Nature Communications 2020; Advanced Science 2025），研发染色质结合RNA的新型检测工具（Nature Methods 2020; Science Advances 2024）。
欢迎多元背景的学生报考，涵盖基础与临床医学、生物、化学、计算机、数学及工程方向；兼顾湿实验与生信计算的申请者优先考虑。即便缺乏跨学科基础，课题组也会提供完整的合作培训与学术指导，支持学生成长成才。
科研项目
• 01/2019-12/2022，国家自然科学基金委面上项目，主持（已结题），利用高通量系统生物学方法研究2型糖尿病遗传风险的分子机制
• 01/2021-12/2024，国家自然科学基金委面上项目，主持（已结题），开发新方法研究内源逆转录病毒HERV-H在胚胎发育中调控染色质高级结构的分子机理
• 01/2023-12/2024，陕西基础科学（化学、生物学）研究院重点项目，主持（已结题），利用高通量手段系统解析遗传及表观遗传因素在结直肠癌致病中的分子机理
• 01/2023-12/2026，国家自然科学基金委面上项目，主持，对CTCF结合位点附近染色质DNA去甲基化分子机制的研究
• 01/2024-12/2026，陕西省重点科技创新团队，主持，癌症基因组学创新团队
• 01/2027-12/2030，国家自然科学基金委面上项目，主持，基于HRD-SELEX高通量技术解析RNA调控转录因子结合DNA特异性的化学生物学研究
学术及科研成果、专利、论文
课题组研究聚焦解析核心致癌通路（Nature 2021; Molecular Cell 2026; Science Advances 2026; Nature Communications 2020; Advanced Science 2025），研发染色质结合RNA的新型检测工具（Nature Methods 2020; Science Advances 2024）。论文总引用次数8500次+，平均单篇引用200次+。获批或申请美国发明专利3项，中国发明专利2项，其中有技术已进入研发转化阶段。
代表性研究成果（# 通讯作者；* 共同第一作者）
• J. Yan#,*, Y. Qiu*, A. dos Santos*, Y. Yin, Yang E. Li, N. Vinckier, N. Nariai, P. Benaglio, A. Raman, X. Li, S. Fan, J. Chiou, F. Chen, K.A. Frazer, K.J. Gaulton, M. Sander, J. Taipale#, B. Ren#, Systematic analysis of binding of transcription factors to noncoding variants, Nature 591 (2021) 147-151.
• W. Yi*, J. Li*, X. Zhu*, X. Wang*, L. Fan, W. Sun, L. Liao, J. Zhang, X. Li, J. Ye, F. Chen, J. Taipale, K.M. Chan#, L. Zhang#, J. Yan#, CRISPR-assisted detection of RNA-protein interactions in living cells, Nature Methods 17(7) (2020) 685-688.
• W. Sun, N. Wu, M. Xia, Y. Pan, M. Liu, S. Fan, J. Wang, Y. Zeng, L. Fan, J. Chen, G. Liu, H. Yan, Y. Qiu, Y. Xie, Z. Jiang, F. Chen, Y. Yin, J. Zhang, L. Li, W. Xie, H. Wang, L. Zhang#, M. Yu#, X. Wang#, J. Yan#, NuRD-enabled CTCF-TET crosstalk orchestrates epigenome reprogramming and genome architecture, Molecular Cell 86 (13) (2026) 2617-2634.
• E. Chen, Q. Yang*, H. Dai*, Y. Chen*, Y. Zhang*, Q. Wang, R. Hou, M. Chen, J. Wang, Q. Xie, W. Sun, Y. Ning, L. Fan, J. Yan#, Systematic analysis of functional genetic and epigenetic variants in colorectal cancer, Science Advances 12 (8) (2026) aeb2473.
• L. Fan, T*. Wang*, C. Hua*, W. Sun*, X. Li, L. Grunwald, J. Liu, N. Wu, X. Shao, Y. Yin, J. Yan#, X. Deng#, A compendium of DNA-binding specificities of transcription factors in Pseudomonas syringae, Nature Communications 11(1) (2020) 4947.
• J. Yan*, M. Enge*, T. Whitington, K. Dave, J. Liu, I. Sur, B. Schmierer, A. Jolma, T. Kivioja, M. Taipale, J. Taipale#, Transcription factor binding in human cells occurs in dense clusters formed around cohesin anchor sites, Cell 154(4) (2013) 801-813.
• A. Jolma*, J. Yan*, T. Whitington, J. Toivonen, K.R. Nitta, P. Rastas, E. Morgunova, M. Enge, M. Taipale, G. Wei, K. Palin, J.M. Vaquerizas, R. Vincentelli, N.M. Luscombe, T.R. Hughes, P. Lemaire, E. Ukkonen, T. Kivioja, J. Taipale#, DNA-binding specificities of human transcription factors, Cell 152(1-2) (2013) 327-339.
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