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导师简介

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徐云刚

 

徐云刚：教授、博导

研究领域：生物信息学、计算生物学、机器学习、统计遗传学

长期围绕基因转录调控，针对整合分析多种组学大数据和揭示生物发育及疾病发生机理的关键技术和科学问题，致力于开发和利用生物信息学方法，并结合分子与细胞实验手段，研究细胞内分子（如基因、非编码RNA及多种表观遗传修饰等）在发育过程中的协同作用以及疾病发生过程中的异常调控机制。主要研究方向包括：

  1. 基因转录调控

  2. 计算表观遗传学与空间基因组

  3. 单细胞组学

  4. 多组学整合分析与机器学习

  5. 统计遗传学

个人简介

2014年10月毕业于哈尔滨工业大学·计算机科学与技术学院，获得博士学位，同时具有生物学学士和硕士学历。随后在美国Wake Forest University School of Medicine (WFU)、University of Texas Health Science Center at Houston (UT Health)以及University of Pennsylvanian（UPenn）和Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP)先后任职博士后研究员（Postdoc Fellow）、副教职（Faculty Associate）和助理教授（Research Assistant Professor）至2021年1月。2021年2月获得“青年拔尖人才支持计划”并加入西安交通大学基础医学院，任职教授和博士研究生导师。截至目前，主持陕西省秦创原引用高层次创新创业人才项目1项；主持“青年拔尖人才支持计划”1项；主持国家自然科学基金面上项目1项；主持（共同）西安交通大学医学“基础-临床”融合创新项目1项；核心参与国家自然科学基金面上项目4项、美国NIH R01基金4项。获得省级三等和厅级一等科学技术奖各1项，教育部国家奖学金1项；担任多个领域内国际SCI期刊编辑和国际会议程序委员会委员。已在Genome Biology、AJHG、Nucleic Acids Research、Briefings in Bioinformatics和Bioinformatics等生物信息学领域SCI期刊发表论著20余篇。

工作经历

1. 2021.02-现在：教授/博导，西安交通大学，基础医学院

2. 2019.04-2021.02: Postdoctoral Fellow, University of Pennsylvania and Children’s Hospital of Philadelphia,美国；（合作导师：Yi Xing，邢毅）

3. 2018.09-2019.03: Assistant Professor, School of Biomedical Informatics, University of Texas Health Science Center at Houston (UT Health),美国；（合作导师：Xiaobo Zhou，周小波）

4. 2017.07-2018.08: Faculty Associate, School of Biomedical Informatics, University of Texas Health Science Center at Houston (UT Health),美国；（合作导师：Xiaobo Zhou，周小波）

5. 2015.04-2017.06: Research Fellow, School of Medicine (又名Wake Forest Baptist Medical Center, WFBMC), Wake Forest University,美国；（合作导师：Xiaobo Zhou，周小波）

6. 2014.11-2015.03,研究助理,计算科学与技术学院，哈尔滨工业大学(HIT),中国；（合作导师：郭茂祖）

教育经历

  1. 2010.09-2014.10：博士，哈尔滨工业大学，计算机科学与技术学院（导师：郭茂祖）

  2. 2007.09-2010.07：硕士，东北林业大学，生命科学与技术学院（导师：詹亚光）

  3. 2003.09-2007.07：学士，东北林业大学，生命科学与技术学院（导师：李淑娟）

荣誉获奖

  1. 2013年：黑龙江省科学技术奖，三等奖

  2. 2013年：黑龙江省林业厅科学技术奖，一等奖

  3. 2013年：教育部“博士研究生国家奖学金”

专业学（协）会兼职

  1. 国际计算生物学协会（ISCB）会员

  2. 美国遗传学会（GSA）会员

  3. 美国癌症研究协会（AACR）会员

  4. 中国细胞生物学学会（CSCB）终身会员

  5. 中国生物工程学会（CSBT）终身会员（青年工作委员会委员、计算生物学与生物信息学专业委员会委员）

  6. 中国计算机学会（CCF）专业会员（生物信息学专业委员会委员）

  7. 中国人工智能学会（AAI）专业会员

  8. 中国生物化学与分子生物学会（CSBMB）专业会员

  9. 中国抗癌协会（CACA）专业会员

  10. 中国自动化学会(CAA)专业会员（智能健康与生物信息专委会委员）

科研项目

（一）主持科研项目

  1. 青年拔尖人才支持计划A类，200万元，2021-02至2027-02

  2. 国家自然科学基金-面上项目，64万元，2022-01至2025-12

  3. 西安交通大学医学“基础-临床”融合创新项目，20万元，2022-09至2024-08

  4. 陕西省秦创原引用高层次创新创业人才项目，45万元，2022-11至2025-10

（二）参与科研项目

1. Deep Learning the Splicing (Epi)genetic Code. National Institutes of Health (NIH) (2015-2019). (撰写并参与);

2. Integrative approach to studying lncRNA functions. National Institutes of Health (NIH) (2017-2022). (参与);

3. A novel tool package for single-cell RNA sequencing analysis with graph theory and deep networks. National Institutes of Health (NIH) (2018-2022). (撰写并参与);

4. Multiscale resolution and deep network approaches for deconvolving different cell types in bulk tumor using single-cell sequencing data (scDEC) . National Institutes of Health (NIH) (2019-2023). (撰写并参与);

5.国家自然科学基金(NSFC)：miRNA-基因双层网络的构建与分析方法研究，（2016-2019），61571163；金额：70万；主要撰写人并署名参与，排名第3位。

6.国家自然科学基金(NSFC)：功能基因网络的重构与交叠模块识别方法，(2013-2016). NO. 61271346；金额：86万；主要撰写人并署名参与，排名第4位；

7.国家自然科学基金(NSFC)：蛋白质相互作用和基因功能关联的对称性预测方法研究，(2012-2015). NO. 61172098；金额：62万；主要撰写人并署名参与，排名第5位；

8.国家自然科学基金(NSFC)：大豆RNA结构与进化分析的信息处理方法研究，(2010-2013). NO. 60932008；金额：190万；参与。

代表性论著

参编英文专著

  1. Yungang Xu, Xiaobo Zhou (2018) Applications of Single-Cell Sequencing for Multiomics. In: Huang T. (eds)Computational Systems Biology. 1754: 327-374. Springer Press, New York, NY. DOI:10.1007/978-1-4939-7717-8_19

发表期刊论文列表(#通讯作者)

（一）第一/通讯作者（含共同#）

  1. Qi Wang, Hanmin Tang, Xuehui Luo, Jie Chen, Xinyue Zhang, Xinyue Li, Yuesen Li, Yuetong Chen,Yungang Xu#, Suxia Han#, Immune-Associated Gene Signatures Serve as a Promising Biomarker of Immunotherapeutic Prognosis for Renal Clear Cell Carcinoma,Frontiers in immunology, 2022,24;13:890150 (SCI, IF 8.786, JCR rank Q1)

  2. Jun Zhu, Tenghui Han, Shoujie Zhao, Yejing Zhu, Shouzheng Ma, Fenghua Xu, Bai Tingting, Yuxin Tang,Yungang Xu#, Lei Liu#, Computational Characterizing Necroptosis Reveals Implications for Immune Infiltration and Immunotherapy of Hepatocellular Carcinoma,Frontiers in Oncology, 2022, 12:933210 (SCI, IF 5.738, JCR rank Q2)

  3. Rufeng Li, Lixin Li,Yungang Xu#, Juan Yang#, Machine learning meets omics: applications and perspectives,Briefings in Bioinformatics, 2021: bbab460 (SCI, IF 13.994, JCR rank Q1 top)

  4. Yungang Xu#,Zhigang Zhang, Lei You, Jiajia Liu#, Zhiwei Fan, and Xiaobo Zhou#. (2020) scIGANs: single-cell RNA-seq imputation using generative adversarial networks."Nucleic acids research48, 15 (2020): e85-e85. (SCI, IF 16.97, JCR rank Q1 top)

  5. Yungang Xu, Weiling Zhao, Scott D. Olson, Karthik S. Prabhakara, Xiaobo Zhou#. (2018) Alternative splicing links histone modifications to stem cell fate decision.Genome Biology19(1):133. (SCI, IF 14.028, JCR Q1 top)

  6. Yungang Xu#, Yongcui Wang, Jiesi Luo, Weilin Zhao, Xiaobo Zhou#. (2017) Deep learning of the splicing (epi)genetic code reveals a novel candidate mechanism linking histone modifications to ESC fate decision.Nucleic Acids Research45 (21), 12100-12112. (SCI, IF 11.561, JCR rank Q1 top)

  7. Yungang Xu#, Maozu Guo#, Chunyu Wang, Yang Liu, Guojun Liu. (2016) Identify bilayer modules via pseudo-3D clustering: applications to miRNA-gene bilayer networks.Nucleic Acids Research44 (20), e152. (SCI, IF 11.561, JCR rank Q1 top)

  8. Yungang Xu, Maozu Guo#, Xiaoyan Liu, Chunyu Wang, Yang Liu. (2014) Inferring the Soybean (Glycine max) microRNA functional network based on target gene network.Bioinformatics30 (1):94-103. (SCI, IF 7.307, JCR rank Q1)

  9. Yungang Xu, Maozu Guo#, Xiaoyan Liu, Chunyu Wang, Yang Liu. (2014) SoyFN: a knowledge database of soybean functional networks.Database-The Journal of Biological Databases and Curation, 2014: bau019. (SCI, IF: 4.599, JCR rank Q1)

  10. Yungang Xu#, Maozu Guo#, Xiaoyan Liu, Chunyu Wang, Yang Liu. (2014) System-level insights into the cellular interactome of a non-model organism: inferring, modeling and analyzing functional gene network of Glycine max.PLOS ONE(2014) 9(11): e113907 (SCI, IF 4.015, JCR rank Q1)

  11. Yungang Xu, Maozu Guo#, Wenli Shi, Xiaoyan Liu, Chunyu Wang. (2013) A novel insight into Gene Ontology semantic similarity.Genomics101(6): 368-375. (SCI, IF 2.910, JCR rank Q2)

  12. Yungang Xu, Yaguang Zhan#. (2009) Progress of the Research on Plant Drought-resistant Mechanism and Related Genes.Biotechnology Bulletin. 2009(2): 11-17.

（二）共同作者

  1. Levon Demirdjian,Yungang Xu, Emad Bahrami-Samani, Yang Pan, Shayna Stein, Zhijie Xie, Eddie Park, Ying Nian Wu, and Yi Xing#. (2020) Detecting Allele-Specific Alternative Splicing from Population-Scale RNA-Seq Data.The American Journal of Human Genetics107, 3 (2020): 461-472. (SCI, IF 10.502, JCR rank Q1)

  2. Zhijin Li, Hua Tan, Weiling Zhao,Yungang Xu, Zhigang Zhang, Maode Wang, Xiaobo Zhou#. Integrative analysis of DNA methylation and gene expression profiles identifies MIR4435-2HG as an oncogenic lncRNA for glioma progression.Gene75 (2019): 144012. (SCI, IF 2.638, JCR Q2)

  3. Liu, Changan, Jacqueline Chyr, Weiling Zhao,Yungang Xu, Zhiwei Ji, Hua Tan, Claudio Soto, and Xiaobo Zhou#. (2018) Genome-Wide Association and Mechanistic Studies Indicate that Immune Response Contributes to Alzheimer’s Disease Development.Frontiers in Genetics9 (2018): 410. (SCI, IF 4.151, JCR Q1)

  4. Quan Zou#, Lei Chen, Tao Huang,Yungang Xu. (2017) Machine Learning and Graph Analytics in Computational Biomedicine.Artificial Intelligence in Medicine. Doi: 10.1016/j.artmed.2017.09.003 (SCI, IF 2.879, JCR rank Q2)

  5. Quan Zou#, Dariusz Mrozek, Qin Ma,Yungang Xu. (2017) Scalable Data Mining Algorithms in Computational Biology and Biomedicine.BioMed Research International(2017), 5652041. (SCI, IF 2.583, JCR Q2)

  6. Ruida Guo, Fansuo, Yaguang Zhan#, Shujuan Li, Huijie Geng, Guiqin Zhang, Shengzhi Yao,Yungang Xu. (2013).Variation Analysis of Traits of Seed on Interspecific Hybrid F1 of Fraxinus.Forest Engineering, 29(5): 39-43.

  7. Bo Li, Yaguang Zhan#,Yungang Xu, Fansuo Zeng, Guiqin Zhang. (2012) Photosynthetic Physiological Characteristics in F1 Progeny of Fraxinus mandshurica and Fraxinus Americana under Drought Stress.Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica. 32(11): 2313-2320.

  8. Shujuan Li, Yaguang Zhan#, Chuanping Yang,Yungang Xu. (2009) Response Surface Methodology to Determine the Optimal Medium for Pollen Germination for Ash.Bulletin of Botany. 44(2):223-229.

  9. Lei Wang, Shujuan Li,Yungang Xu, Yaguang Zhan#. (2008) Establishment of Propagation System of Mature Embryo and Stem Segment of Fraxinus velutina.Forestry Science & Technology. 33(3): 1-3.

联系方式

电子邮箱：Yungang.Xu@xjtu.edu.cn

个人主页：https://www.xu-bioinfo.com

谷歌学术：https://scholar.google.com/citations?user=AJza7rIAAAAJ&hl=en

联系地址：

1.陕西省西安市雁塔区雁塔西路76号，西安交通大学医学部病理楼306室

2.陕西省西安市中国西部科技创新港，鸿仁楼（21号巨构）4016室

 

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